Die Eröffnung des neuen Pathologischen Instituts im Jahr 1905 war ein glanzvoller Höhepunkt im Berufsleben von Johannes Orth. Als Leiter des Instituts betonte er in seiner Festrede dennoch bescheiden, er habe nur geholfen den Bau zu vollenden, der doch »im wesentlichen Virchows Geist entsprungen« sei. Dabei hatte Orth etwas geschafft, was Virchow nicht gelungen war: nämlich eine gewisse Ordnung in das Verhältnis zwischen Pathologischem Institut und Charité-Krankenhaus zu bringen.
Vor dem neuen Institutsgebäude wurde 1917 Orths Büste aufgestellt, die ihm zu seinem 70. Geburtstag überreicht worden war. Dass man sich mitten im Ersten Weltkrieg befand, zeigte der Aufruf zu Spenden, der ausschließlich an »den engen Kreis von Schülern, Mitarbeitern, Kollegen und Freunden des Jubilars in der deutschen Heimat« gerichtet war. Ausländische Kollegen, wie vor Kriegsbeginn durchaus üblich, wurden nicht einbezogen.
Der Bildhauer Hugo Lederer erhielt den Ausführungsauftrag, weil man sich von ihm ein »Meisterwerk« erhoffte. Leider ist seine Arbeit nicht erhalten geblieben. Sie wurde wahrscheinlich im Zweiten Weltkrieg zerstört, als auch Instituts- und Museumsgebäude starke Schäden davontrugen. Da die Orth-Büste der von Friedrich Kraus in »Größe und Form« ähnlich gewesen sein soll, hat der Künstler vermutlich auch für den Pathologen eine so genannte »Herme« geformt.
Mit Johannes Orth wurde erstmals auf dem Charité-Gelände ein Wissenschaftler mit einem Denkmal geehrt, der nicht Leiter einer Charité-Klinik, sondern einer Universitäts-Einrichtung war. Orths Einsatz für das Pathologische Institut in der schwierigen Phase des Umbaus mag dabei von entscheidender Bedeutung gewesen sein.