Der Chirurg Franz König kam 1895 – im Alter von 63 Jahren – an die Charité. Dort veranlasste er zunächst den Ausbau des so genannten Sommerlazaretts, in dem die Chirurgische Klinik bei seinem Amtsantritt untergebracht war. Als dann Ende der 1890er Jahre der große Umbau der Charité beschlossen war, gestaltete er die Pläne für den Neubau der Chirurgie. Deren umfassende Reorganisation bestand in einem ganzen Bündel von Maßnahmen, die sowohl die Betreuung und Behandlung der Kranken, als auch Forschung und Lehre betrafen. Die Einrichtung einer Chirurgischen Poliklinik und einer Unfallabteilung gehörten dazu, ebenso die Verbesserung der Ausstattung in allen Bereichen, durch Erweiterung der Laboratorien und Einführung der Röntgentechnik zum Beispiel.
Eine weitere Neuerung setzte König für den akademischen Nachwuchs durch: An der bislang durch Stabsärzte dominierten und vorwiegend für die Ausbildung von Militärärzten genutzten Klinik wurden zwei Stellen für Zivilärzte eingerichtet. Das machte die Chirurgische Klinik der Charité auch für Studenten und Assistenten attraktiv, die eine wissenschaftliche Laufbahn anstrebten.
Königs bevorzugtes Forschungsgebiet war die Chirurgie der Knochen- und Gelenkkrankheiten, besonders der Tuberkulose. Darüber hinaus gilt er als eifriger Operateur, der neue Techniken entwickelt und das so genannte »fingerlose Operieren« propagiert haben soll, bei dem das Wundgebiet ausschließlich mit Instrumenten berührt wird.