Eduard Henoch war ein Wegbereiter der modernen Kinderheilkunde, die sich in Deutschland erst Ende des 19. Jahrhunderts als selbstständiges Fach etablierte. 1872 übernahm er die Direktion der Kinderklinik der Charité und wurde zum außerordentlichen Professor für Kinderheilkunde an der Berliner Universität ernannt.
Bereits im Jahr 1830 war an der Charité – erstmals in Deutschland – eine Klinik für kranke Kinder eröffnet worden. Als Universitätsklinik konzipiert, diente sie auch der Lehre und Forschung. Eine Poliklinik ergänzte die Kinderabteilung. Hier wurden Säuglinge behandelt, für die es zunächst noch keine stationäre Aufnahme gab.
Allerdings war die Kinderabteilung anfangs lediglich eine kleine Station, die im Nordflügel der »Alten Charité« notdürftig untergebracht war. In den ersten Jahrzehnten ihres Bestehens waren die Verhältnisse denkbar schlecht, die Zahl der Ansteckungs- und Todesfälle unter den Kindern war hoch. Erst unter Henochs Leitung besserte sich die Lage allmählich.
Nach und nach gelang es ihm, die räumlichen und hygienischen Bedingungen den Erfordernissen anzupassen. Den Neubau von vier Pavillons für Kinder mit ansteckenden Krankheiten (Scharlach, Masern, Diphtherie) konnte der Pädiater allerdings erst nach langwierigen Verhandlungen durchsetzen.
Henoch – als Autor eines Handbuchs für Kinderheilkunde in die Medizingeschichte eingegangen – trat für die Etablierung der Pädiatrie als eigenes Fachgebiet ein. Zum einen, weil Krankheiten wie Keuchhusten bei Kindern häufiger und prägnanter als bei Erwachsenen auftraten. Zum anderen, weil die ärztliche Untersuchung eines Kindes eine besondere Gewandtheit verlange. Zu seinem großen Bedauern gelang es Henoch jedoch nicht, die Einrichtung eines Lehrstuhls für Kinderheilkunde gegen den anhaltenden Widerstand der Medizinischen Fakultät durchzusetzen. Erst mit der Berufung seines Nachfolgers Otto Heubner wurde 1893 Henochs außerordentliche Professur in ein Ordinariat umgewandelt.