Mit dem Amtsantritt von Adolf Bardeleben begann 1868 eine neue Ära in der Chirurgischen Klinik der Charité. Die Rückständigkeit seines Vorgängers Jüngken ist legendär. Die schlechten Zustände in Jüngkens Klinik sind Stoff für unzählige Anekdoten über die Rohheit der alten Chirurgie. Erst durch Adolf Bardeleben trat eine grundlegende Änderung ein: Er gehörte zu einer neuen Chirurgengeneration, deren Operations- und Behandlungsmethoden auf naturwissenschaftlichen Erkenntnissen beruhten. Als Leiter der Chirurgischen Klinik machte er sich besonders um die Einführung und Vereinfachung des »antiseptischen Prinzips« verdient.
Dieses Prinzip gehört zu den bahnbrechenden Neuerungen der Medizin des 19. Jahrhunderts. Es wurde 1867 von Joseph Lister in England formuliert und erstmals angewandt. Um Wunden bei Operationen vor Keimen zu schützen, entwickelte Lister ein kompliziertes antiseptisches Ritual: Die Luft im Operationssaal wurde durch Sprühnebel von Karbolsäure desinfiziert.
Bardelebens Weg an die Charité hatte über eine gründliche naturwissenschaftliche Ausbildung sowie über seinen Einsatz als Feldarzt in den Kriegen von 1866 und 1870/71 geführt. Neben Universität, Labor und Krankenhaus gehörten also Schlachtfeld und Feldlazarett zu den Wirkungsstätten dieses modernen Chirurgen.
Auch in seiner Zeit als Direktor der Chirurgischen Klinik der Charité diente von Bardeleben dem Militärarztwesen. Mit seinem Amt war traditionell die Ausbildung von Militärärzten verbunden.